Isi
- TL; DR (Terlalu Panjang; Tidak Dibaca)
- Apa Itu Elektroforesis?
- Persiapan Gel yang Tidak Memuaskan
- Terlalu banyak sampel
- Sampel Kualitas Buruk
Pernahkah Anda bertanya-tanya bagaimana para ilmuwan mempelajari fragmen kecil seperti DNA Anda? Salah satu metode adalah elektroforesis gel. Sementara elektroforesis biasanya menghasilkan pita yang jelas dan mudah dibaca yang sempurna untuk interpretasi ilmiah, hasil yang dioleskan terkadang mengaburkan data.
TL; DR (Terlalu Panjang; Tidak Dibaca)
Elektroforesis gel memungkinkan para ilmuwan untuk memvisualisasikan sampel yang dicerna dan mengukur ukuran fragmen. Mengolesi hasil dari gel agarosa yang tidak disiapkan dengan benar, memuat sampel yang tidak diencerkan ke dalam sumur atau menggunakan sampel berkualitas rendah.
Apa Itu Elektroforesis?
Gel elektroforesis adalah cara bagi para ilmuwan untuk memvisualisasikan sampel molekul kecil yang dicerna seperti DNA dan memperkirakan ukuran fragmen tersebut. Untuk melakukan elektroforesis, para ilmuwan menyiapkan gel dengan menangguhkan agarosa dalam air mendidih. Polimerisasi yang dihasilkan menghasilkan polimer gula bersilangan sehingga gel terlihat sedikit seperti jaring laba-laba pada tingkat kimia.
Para ilmuwan menggunakan alat pemotong untuk membentuk sumur di gel sehingga mereka dapat memuat sampel yang sangat kecil ke dalam sumur. Menyalakan mesin menyebabkan listrik mengalir melalui gel, dan fragmen-fragmen dalam sampel mulai bergerak dari sumur ke sisi lain gel. Karena gel itu seperti web, fragmen yang lebih kecil bergerak melalui matriks dengan cepat, sementara fragmen yang lebih besar membutuhkan waktu lebih lama untuk memanjat melalui matriks. Setelah selesai, gel tersebut mengandung pita hitam yang menunjukkan seberapa jauh fragmen yang berbeda bepergian. Para ilmuwan mengukur pita-pita ini dan menggunakan perhitungan logaritmik untuk menentukan ukuran masing-masing fragmen berdasarkan seberapa jauh ia bermigrasi.
Para ilmuwan berharap band-band yang jelas, tetapi kadang-kadang band smear. Corengan ini biasanya merupakan hasil dari gel yang tidak siap, memuat sampel yang tidak diencerkan ke dalam sumur atau sampel berkualitas buruk.
Persiapan Gel yang Tidak Memuaskan
Ketika sampai pada hasil yang dioleskan, salah satu penyebabnya adalah gel yang tidak siap. Gel yang memuaskan terpolimerisasi secara merata, menghasilkan matriks yang seragam di seluruh gel dalam baki casting. Jika bagian dari gel - biasanya setengah bagian bawah - set sebelum ilmuwan selesai menuangkan seluruh baki, gel yang dihasilkan akan tidak rata dan menghasilkan hasil yang dioleskan.
Terlalu banyak sampel
Sebelum memasukkan sampel ke dalam sumur, sampel tersebut harus cukup encer untuk mengalir melalui gel tanpa meluap ke sumur. Jika sampel yang dimuat terlalu terkonsentrasi karena ilmuwan lupa untuk mencairkannya atau menggunakan faktor pengenceran yang tidak tepat, fragmen akan terlalu besar untuk sumur dan menghasilkan corengan.
Sampel Kualitas Buruk
Corengan juga dihasilkan dari kualitas sampel yang buruk. Sebagai contoh, sampel DNA yang terkontaminasi dengan protein atau mengandung terlalu banyak garam dapat menghasilkan noda. Sampel terdegradasi atau terdenaturasi juga menghasilkan hasil yang buruk, termasuk pita dioleskan.
Elektroforesis gel adalah cara yang luar biasa bagi para ilmuwan untuk memvisualisasikan sampel yang dicerna dan menentukan ukuran fragmen. Persiapan gel dan sampel yang hati-hati meminimalkan kemungkinan noda dan menghasilkan pita bening yang ideal untuk interpretasi ilmiah.