Isi
Elektroforesis gel adalah teknik yang memungkinkan DNA dianalisis pada tingkat molekul penyusunnya. Dalam metode visualisasi DNA ini, sampel ditempatkan pada media gel agarosa dan medan listrik diterapkan pada gel. Ini menyebabkan fragmen-fragmen DNA bermigrasi melalui gel dengan laju yang berbeda sesuai dengan sifat elektrokimia mereka.
Ethidium Bromide
Untuk teknik visualisasi ini, etidium bromida dicampur dengan bubuk agarosa, buffer EDTA dan air untuk membentuk matriks gel sebelum elektroforesis. Akibatnya, molekul etidium bromida menjadi terdispersi secara merata di seluruh matriks. Setelah sumur gel telah diisi dengan sampel DNA masing-masing dan melacak pewarna, tegangan diterapkan untuk secara perlahan menarik senyawa besar polar melintasi matriks.
Selama gerakan ini, basis molekul DNA untuk sementara mengikat ke partikel berkat muatan etidium bromida, menyeretnya. Pada saat gel elektroforesis selesai, masing-masing molekul DNA telah mengambil sejumlah besar etidium bromida.
Di hadapan sinar ultraviolet, etidium bromida menunjukkan fluoresensi. Teknisi menyinari sinar UV yang dikalibrasi khusus pada gel sementara mesin menangkap gambar fragmen yang bersinar.
Methylene Blue
Jika transiluminator UV tidak tersedia atau praktis, teknisi dapat membuat DNA terlihat dalam kondisi normal dengan merendam gel agarosa yang sudah jadi, dengan DNA yang di-elektroforesis, dalam larutan metilen biru semalam.
Garam klorida dengan anion hidrofobik yang signifikan, molekul biru metilen menembus seluruh matriks gel. Namun, ikatan hidrogen di seluruh DNA menyebabkan molekul noda menumpuk. Peningkatan kerapatan noda DNA ini menghasilkan warna biru yang lebih dalam, terlihat oleh mata telanjang.
Melacak Pewarna
Di luar ukuran relatif pita-pita DNA, teknisi dapat mengukur ukuran absolut (berpasangan-basa) dari setiap fragmen menggunakan bahan kimia yang disebut pewarna pelacak. Terlihat tanpa penambahan metilen biru atau etidium bromida, jejak pewarna seperti bromofenol biru dan xilena sianol bergerak melintasi matriks gel aragosa selama elektroforesis pada kecepatan yang sama dengan fragmen DNA yang masing-masing terdiri dari 300 nukleotida dan 4.000 nukleotida. Dalam elektroforesis, fragmen DNA yang lebih masif bergerak melintasi matriks gel dengan kecepatan lebih lambat daripada fragmen yang lebih kecil. Oleh karena itu, sementara melacak pewarna tidak secara langsung mempengaruhi visibilitas fragmen DNA, membandingkan posisi fragmen DNA dalam gel dengan posisi pewarna ini memungkinkan teknisi untuk "melihat" perkiraan jumlah nukleotida yang terkandung dalam fragmen DNA.