Isi
Western blotting adalah salah satu prosedur paling umum di laboratorium biokimia. Pada dasarnya, ini memisahkan protein dari sampel berdasarkan ukuran, kemudian menguji menggunakan antibodi untuk menentukan apakah ada protein yang diberikan. Ini berguna tidak hanya dalam penelitian tetapi juga di laboratorium medis atau diagnostik; tes untuk HIV dan penyakit Lyme, misalnya, melibatkan tes immunosorbent enzyme-linked (ELISA), diikuti oleh Western blot jika tes ELISA positif. Meskipun populer, bagaimanapun, Western blotting memiliki beberapa kelemahan.
Tidak bersifat kuantitatif
Western Blots klasik tidak bersifat kuantitatif. Dengan kata lain, walaupun mereka dapat memberi tahu para peneliti apakah ada protein tertentu, mereka tidak memungkinkan untuk mengukur seberapa banyak protein yang ada. Beberapa perusahaan biotek sekarang menjual kit yang memungkinkan peneliti atau teknisi laboratorium untuk mengukur jumlah protein yang ada menggunakan kurva standar - tetapi ini hanya berfungsi jika sampel murni dari protein yang sama tersedia. Selain itu, berat molekul protein hanya dapat diperkirakan dengan Western blotting, daripada ditentukan secara tepat seperti dengan spektrometri massa.
Antibodi
Western Blot hanya dapat dilakukan jika antibodi primer terhadap protein yang diinginkan tersedia. Sementara antibodi untuk banyak protein berbeda tersedia dari perusahaan biotek, mereka tidak murah; jika antibodi primer tidak tersedia untuk protein tertentu, tidak mungkin untuk melakukan Western blot mencari protein tertentu. Selain itu, para peneliti mungkin ingin menentukan apakah suatu protein telah dimodifikasi dalam beberapa cara - jika telah difosforilasi (memiliki gugus fosfat yang melekat padanya), misalnya - dan dengan teknik Western blot mereka memerlukan antibodi khusus untuk modifikasi tersebut. protein.
Latihan
Mungkin sulit untuk melakukan Western blot dengan benar dan mendapatkan hasil yang baik, sehingga staf harus terlatih dengan baik.Dalam hal ini seperti dalam banyak hal lain, pengalaman mungkin adalah guru terbaik; bahkan untuk teknisi yang berpengalaman, noda Barat memakan waktu. Bagian elektroforesis gel dari percobaan, misalnya, biasanya akan memakan waktu dari satu hingga dua jam untuk berjalan. Tugas lain dapat dilakukan saat gel berjalan, tentu saja, tetapi percobaan masih membutuhkan waktu untuk mendapatkan hasil.
Keterbatasan lainnya
Antibodi terkadang menunjukkan ikatan yang tidak sesuai target, yang dapat menghasilkan hasil yang lebih buruk. Selain itu, dengan Western blotting, Anda menggunakan antibodi terhadap protein tertentu, sehingga hasil Anda hanya akan memberi tahu Anda jika protein itu ada. Sebaliknya, spektrometri massa resolusi tinggi mengungkapkan semua protein yang ada dalam sampel, dan tidak seperti pembilasan Barat klasik, ini kuantitatif. Penting untuk diingat, tentu saja, bahwa spektrometri massa jauh lebih mahal dan juga secara teknis lebih menantang untuk digunakan dibandingkan dengan Western blotting.