Menurut situs web University of Wisconsins BioWeb, primer PCR adalah oligonukleotida sintetik pendek (biasanya antara 18 hingga 25 basa) yang digunakan untuk memperkuat daerah DNA tertentu dalam teknik biologi molekuler yang dikenal sebagai reaksi rantai polimerase (PCR). Diperlukan primer maju dan mundur, yang dirancang sebagai pelengkap terbalik untai DNA, untuk mengapit dan mengikat ke wilayah DNA yang diinginkan. Ketika para ilmuwan ingin melakukan penelitian pada gen atau wilayah DNA tertentu, mereka pertama-tama perlu melakukan PCR untuk mendapatkan cukup banyak wilayah target untuk diajak bekerja sama. Merancang urutan primer untuk wilayah yang diminati mungkin diperlukan jika belum tersedia melalui penelitian yang diterbitkan sebelumnya atau dengan cara komersial.
Dapatkan urutan nukleotida gen atau wilayah DNA yang diinginkan dan putuskan berapa lama fragmen yang ingin Anda perkuat. Primer maju dan mundur dirancang untuk mengikat di awal dan di akhir fragmen yang diinginkan. Biasanya, metode PCR konvensional menggunakan primer yang mengapit wilayah antara 100 hingga 1.000 pasangan basa, sementara metode PCR waktu nyata menggunakan fragmen sekitar 50 hingga 200 pasangan basa.
Tentukan di mana dalam urutan yang Anda inginkan untuk meletakkan primer. Misalnya, Anda mungkin menginginkan lokasi di dekat ujung 5 atau 3 dari urutan atau di tengah. Jika diinginkan, tetapkan lokasi primer untuk menjangkau intron.
Ikuti panduan yang direkomendasikan untuk desain primer. Keberhasilan amplifikasi produk DNA tergantung pada kualitas primer dan variabel-variabel tertentu sangat penting.
Desain primer menjadi 18 hingga 24 pangkalan. Vincent R. Prezioso, Ph.D., dari Brinkmann Instruments Inc., menyarankan bahwa panjang ini cukup panjang untuk menjadi sangat spesifik untuk wilayah DNA yang diinginkan, tetapi cukup pendek untuk mengikat (anil) dengan mudah. Temperatur leleh primer (Tm) harus antara 55 hingga 80 derajat Celcius, cukup rendah untuk memungkinkan leleh sempurna pada atau di atas 90 derajat Celcius, tetapi cukup tinggi untuk memungkinkan anil. Konten GC (persentase Gs dan Cs dalam urutan) harus antara 40 dan 60 persen. 3 ujung urutan primer harus diakhiri dengan C atau G (disebut penjepit GC) untuk mendorong pengikatan, karena nukleotida G dan C memiliki ikatan yang lebih kuat, namun, hindari memiliki tiga G atau lebih C atau lebih dalam lima basis terakhir dari urutan.
Hindari menjalankan empat atau lebih dari satu basa (seperti ACCCC ...) atau empat atau lebih pengulangan di-nukleotida (seperti ATATATAT ...) karena dapat menyebabkan mispriming.Desain primer tanpa homologi intra-primer (lebih dari tiga basa yang melengkapi dalam satu primer itu sendiri) atau homologi antar-primer (di mana primer maju dan mundur memiliki urutan yang saling melengkapi). Ini dapat menyebabkan dimer otomatis atau dimer primer, di mana primer mengikat diri sendiri daripada mengikat pada urutan DNA yang diinginkan.
Gunakan sumber daya online dan situs web yang membantu dalam desain primer atau membantu memeriksa urutan primer untuk melengkapi diri sendiri atau potensi untuk membuat struktur sekunder seperti jepit rambut. Beberapa situs web desain primer termasuk Massachusetts Institute of Technologys Primer3, Pusat Nasional untuk Informasi Bioteknologi Primer-Blast dan Integrated DNA Technologies OligoAnalyzer.