Isi
- Ethylenediaminetetraacetate untuk Pemurnian DNA
- Magneisum Chloride untuk Amplifikasi DNA
- Ethidium Bromide untuk Pewarnaan DNA
Analisis DNA melibatkan berbagai jenis percobaan molekuler dan prosedur biologis. DNA adalah bahan baku yang rapuh dan rumit, sehingga penanganan dan analisisnya membutuhkan kualitas terbaik dan persiapan bahan kimia yang paling murni. Bergantung pada analisis, ratusan bahan kimia, dari larutan asam dan basa hingga buffer dan pewarna, terlibat dalam studi DNA. Memahami mengapa beberapa bahan kimia digunakan adalah kunci untuk melakukan percobaan yang berhasil dan mendapatkan hasil yang akurat, andal, dan dapat direproduksi.
Ethylenediaminetetraacetate untuk Pemurnian DNA
Tiga jenis DNA dimurnikan untuk karya ilmiah: DNA dari genom (DNA genomik), seluruh DNA dari sel (total DNA) atau dari plasmid, yang dapat berkembang biak sendiri. Pemurnian DNA sel total menggunakan bahan kimia yang memungkinkan penghancuran sel banyak membran selama lisis sel. Chemical ethylenediaminetetraacetate (EDTA) sering digunakan untuk menghilangkan ion magnesium, yang diperlukan untuk menjaga kekakuan dinding sel, menyebabkan ini melemah sampai ke titik mereka runtuh atau robek, melepaskan isi sel dan DNA untuk analisis. Selain itu, EDTA melindungi dan menjaga integritas DNA dengan menghambat enzim yang biasanya ada dalam sel, yang dapat memecah-mecah DNA dan membuatnya tidak dapat digunakan.
Magneisum Chloride untuk Amplifikasi DNA
Reaksi rantai polimerase (PCR) adalah metode analisis canggih yang digunakan untuk memperkuat beberapa ribu salinan molekul DNA, namun penuh dengan masalah teknis dan ketidakakuratan. Banyak ilmuwan, oleh karena itu, secara rutin melakukan beberapa set PCR yang berbeda untuk menemukan kondisi dan parameter yang paling optimal untuk gen tertentu yang diminati. Salah satu bahan kimia yang digunakan untuk melakukan optimasi tersebut adalah magnesium, yang menstabilkan enzim DNA polimerase yang digunakan dalam PCR dan bertindak sebagai faktor-faktor penting untuk aktivitas enzim. Untuk PCR, magnesium digunakan dalam bentuk penyangga magnesium klorida.
Ethidium Bromide untuk Pewarnaan DNA
Ethidium bromide adalah pewarna yang berikatan dengan DNA dengan menyelipkan di antara nukleotida yang membentuk heliks ganda DNA dalam proses yang dikenal sebagai interkalasi. Pewarna ini kemudian dapat diterangi dengan lampu ultraviolet, sehingga DNA yang terikat etidium bromida dapat divisualisasikan. Namun, setidaknya 1 nanogram DNA diperlukan agar etidium bromide dapat dilihat dengan baik, oleh karena itu, ini adalah salah satu cara untuk mendeteksi DNA yang diamplifikasi PCR. Meskipun murah dan digunakan secara luas, itu juga merupakan bahan kimia mutagenik yang diketahui menyebabkan kanker, jadi penggunaannya di laboratorium sangat diatur dan banyak ilmuwan bergerak untuk menggunakan alternatif yang kurang beracun.