Isi
Gel elektroforesis adalah metode yang digunakan di laboratorium untuk mengukur dan mengurutkan untaian DNA. Ini diperlukan karena DNA dalam kondisi normal terlalu kecil untuk dimanipulasi, bahkan ketika dilihat menggunakan sebagian besar mikroskop. Laboratorium elektroforesis gel menggunakan prosedur yang relatif mudah, dan teknik dasar yang sama dapat digunakan untuk memisahkan protein individu, juga.
Matriks Gel
Untuk memulai prosedur elektroforesis gel, Anda harus terlebih dahulu membuat gel. Biasanya, gel dibuat dalam lembaran tipis menggunakan zat yang disebut agarosa. Agarosa bubuk ditempatkan dalam labu, diikuti oleh larutan air garam yang disebut buffer. Campuran agarosa dan penyangga ini dipanaskan sampai dua zat meleleh menjadi satu, kemudian dituangkan ke dalam cetakan pembentuk. Alat yang disebut sisir kemudian ditempatkan di salah satu ujung cetakan sebelum gel mendingin. Ketika gel didinginkan, sisir dihilangkan, meninggalkan celah kecil yang akan digunakan untuk menampung sampel DNA.
Karakteristik khusus dari campuran agarosa yang didinginkan (disebut matriks gel) berasal dari fakta bahwa ia dibuat dengan air garam. Ketika dialiri listrik, matriks akan menjadi konduktif, memungkinkan listrik mengalir sepanjang panjangnya. Sifat khusus lain dari matriks gel adalah adanya lubang mikroskopis yang teratur. Lubang-lubang ini akan memungkinkan untaian DNA untuk melakukan perjalanan melalui matriks gel dan memfasilitasi proses penyortiran.
Ruang Elektroforesis
Langkah Anda selanjutnya adalah membuat ruang elektroforesis. Ini adalah kotak persegi panjang kecil, kabel dengan koneksi listrik positif dan negatif di kedua ujungnya. Ruang biasanya dangkal, cukup kecil untuk muat di atas meja, dan dibangun dari bahan yang jelas seperti Plexiglas.
Larutan air garam dituangkan ke bagian bawah ruang elektroforesis, dan matriks gel sedikit terendam dalam larutan ini. Air garam memiliki dua tujuan: membantu aliran listrik dan menjaga agar matriks gel tetap lembab. Karena DNA didorong oleh muatan negatif, tempatkan matriks Anda sehingga sampel Anda akan berada di sebelah koneksi listrik negatif Anda.
Mempersiapkan DNA
Sampel DNA kemudian disiapkan. Karena DNA dalam larutan tidak mungkin dilihat, zat pewarna yang disebut buffer pemuatan ditambahkan ke setiap sampel individu. Agen ini juga mengentalkan larutan DNA, membuatnya kurang berair dan lebih bisa diterapkan. Menggunakan pipet, transfer sampel larutan DNA ke setiap slot bolak-balik dalam matriks gel. Di slot kosong antara setiap sampel, tempatkan beberapa solusi DNA yang panjangnya sudah Anda ketahui (disebut standar DNA) untuk kontrol percobaan dan perbandingan.
Nyalakan Daya
Sekarang, nyalakan ruang elektroforesis Anda. Di bawah daya negatif, sampel DNA Anda akan dipaksa melintasi panjang ruangan. Untaian kecil DNA akan bergerak lebih cepat melalui matriks gel, dan dalam waktu singkat mereka akan memisahkan diri dari untaian yang lebih panjang dan lebih lambat. Pewarna dalam zat pewarna memungkinkan Anda mengikuti jejak DNA. Anda tidak akan dapat melihat untaian DNA individu, tetapi untaian dengan panjang yang sama akan menggumpal bersama.
Langkah Terakhir
Ketika DNA disortir, matriks dihapus dari ruang elektroforesis. DNA kemudian diwarnai untuk memudahkan pengukuran dan pemeriksaan.